環境部依據行政院公共工程委員會（以下簡稱工程會）頒布之「工程施工查核小組組織準則」於91年10月1日成立環境部「工程施工查核小組」（以下簡稱查核小組），由副署長擔任召集人，目前幕僚作業由環境督察總隊負責。
本署工程施工查核小組自成立以來，秉持不妥協、深層查核之一貫態度，近年查核對象主要包括水質及水環境改善工程、垃圾掩埋場活化工程、優質公廁工程、裸露地綠化、環保辦公廳新建及大樓建築設備改善等多樣性工程。另本署積極遴聘工程專業、經驗豐富之查核委員，借重委員專業背景，診斷工程問題，期能即早發現，及時改正，真正提升施工品質。